Mange legger vekt på det som skiller
Men fiendskap og gjensidig mistillit forgiftet forholdet. Snart var de to religionene i strupen på hverandre. Pavene i Roma begynte en serie med korstog mot muslimene. Korstogene førte til store blodsutgytelser på begge sider. Dette kom i tillegg til blodet fra islams erobringer tidligere. De sju korstogene (1096 - 1254) satte de to religionene på kollisjonskurs med hverandre, noe som har preget deres forhold siden da.
Muslimer sier at Bibelen inneholder fremstillinger av Guds ord som er blitt forvridd av jøder og kristne. Ifølge Koranen 5,73 kan Gud umulig være «den tredje av tre». For dem er det «ingen gud unntatt én Gud!» (Henvisning til den kristne treenighetslæren) Koranen sier også (5,75): «Kristus, Marias sønn, var bare et sendebud!» I Koranen 5,116 leser vi: «En gang sier Gud: Jesus, Marias sønn, har du sagt til menneskene: ’Ta meg og min mor til guder utenom Gud?’ Og han svarte: Deg alene all ære! Jeg ville ikke si noe som jeg ikke har rett til.» I islamsk tro er Jesus bare et menneske. Å se på Jesus som Guds sønn er imot islam. Kristne derimot hevder at Gud skapte mennesket for den slags relasjon som Jesus demonstrerte i sitt sønn-far-forhold til Gud, ikke for et forhold til Gud preget av underkastelse, slik islam lærer. Kjærlighet har med relasjoner å gjøre. Derfor ser mange kristne på Allah som en Gud uten kjærlighet.
I islam finner man heller ikke ideen at mennesket er skapt i Guds bilde, slik man gjør i jødedom og kristendom, f.eks. i 1. Mosebok 1,27: «Og Gud skapte mennesket i sitt bilde, i Guds bilde skapte han det, som mann og kvinne skapte han dem.»
Kristne blir kalt vantro (Koranen 5,72 og 73). For kristne er Muhammed (fvmh) bare en profet som mottok et budskap fra en engel, mens Jesus er Guds sønn og mottok sitt budskap direkte fra Gud. Kristne ser på Jesus som en inkarnasjon av Gud og derfor noe langt mer enn en profet.
For mange kristne er det ikke Bibelen som er åpenbaringen, men Kristus. Dette åpner for en kritisk lesning av Bibelen. For muslimer derimot, er åpenbaringen Koranen som helhet. Mange hevder til og med at den på arabisk er blitt bevart uforandret — noen få kritikere påstår originalen er blitt forandret på — og at den arabiske utgaven er en kopi av en himmelsk bok som fra evighet av befinner seg hos Gud. En slik tro gjør det umulig å kritisere Koranen. Muslimer tror den er perfekt.
Kristne anklager muslimer for å påstå at islam er Det siste testamente, selv om det bare er en lovreligion som tilsvarer Det gamle testamente. Det kristne budskapet legger vekt på nåde og tilgivelse, ikke å holde loven til punkt og prikke, mens det for muslimer er helt sentralt å overholde religionens formelle regler, f.eks. for hva som er lov å spise, eller hvordan kvinner dekker seg til. Samtidig er et stort antall av verdens muslimer for å innføre strenge sharia-lover. Muslimer gir Muhammed (fvmh) en høyere rang enn Jesus, selv om Koranen ikke ett eneste sted sier at Gud (Allah) er kjærlighet, mens Bibelen nevner det mange steder. Kristne ser på en religion som legger vekt på kjærlighet og nåde, som noe nærmere Gud enn en lovreligion, som sier «Strid mot de vantro og hyklerne! Vær hård mot dem! Helvete blir deres herberge. Et sørgelig endelikt» (Koranen 9,74). Og det er selvsagt vanskelig for kristne å fordøye at Muhammed (fvmh) skal ha fått den endelige åpenbaring fra Gud, ettersom det høres ut som om kristendommen da får mindre verdi enn islam. At profeten fikk den endelige åpenbaring, blir av muslimer forstått som at islam bør ha en dominerende samfunnsrolle i forhold til andre religioner. De andre religionene som tåles, må være underordnet islam, i et samfunn styrt etter islamske lover.
Kristne finner ingenting i Bibelen som forutsier Muhammeds komme, og forkaster derfor islam. Kristne påpeker dessuten at han, i motsetning til Jesus og andre religionsstiftere, var en krigsherre som beordret drap og utryddelse. Mens Jesus lærer at man bør elske sine fiender (Matteus 5,44), oppfordrer Koranen til å drepe dem og de vantro (ikke-muslimer) (Koranen 9,5 og 9,29). Kristne hevder at Muhammed (fvmh) — muslimenes forbilde — tok livet av mange, og at muslimer derfor tror at de selv også kan gjøre det. Det blir påpekt at Muhammed (fvmh) selv påbød muslimer å drepe frafalne. I Sahih Bukhari-hadithen, en av de seks viktigste hadith-samlinger i sunni-islam, står det i bind 9, bok 84, nummer 57: «Den som endrer sin islamske religion, drep ham.» (En hadith inneholder fortellinger om det Muhammed (fvmh) skal ha sagt og gjort.) Mange muslimer ser på det som sin plikt å ta livet av en frafallen. Kristen nestekjærlighet står i grell kontrast til påbud om å drepe. Det er umulig å referere til Jesus når man utøver vold, men lett å henvise til Muhammed (fvmh) og Allah.
Kristne trekker derfor fram at det er Jesu enestående eksempel på en nestekjærlighet der han tilga sine fiender — selv de som drepte ham — noe som ble spiren til det som etter hvert ble en kristen verden med frihet, demokrati, menneskerettigheter og likestilling. På fruktene skal nemlig treet kjennes. Fruktene man høster i den muslimske verden, er radikalt forskjellige med dens kvinneundertrykkelse, fravær av tros- og ytringsfrihet og mangel på demokrati og respekt for menneskerettighetene. Islam skal faktisk være den av religionene som har størst vansker med å tilpasse seg menneskerettighetene. På grunn av ekstremisme, fanatisme og all terrorismen utført i islams navn ser mange kristne på islam som en større trussel mot en fredelig verden enn kommunismen noensinne var. Mange kristne er dessuten redde for hva slags samfunn islam skaper, en kultur der kristne og annerledestroende blir mobbet, trakassert, forfulgt, undertrykt og drept. Et negativt syn på islam går langt tilbake. På 1500-tallet skrev Martin Luther at islam var djevelens onde verk og muslimene Guds straffedom på de kristne for deres synder og feiltrinn. Luther sa for øvrig også mindre pene ting om jøder.
På den annen side er muslimer redde for et samfunn produsert av friheten kristendommen forfekter, en kultur med få restriksjoner, preget av alkohol og sex før ekteskapet. De føler at islam gir en klarere veiledning i hva som er rett og galt, enn kristendommen. Til det sier kristne ofte at Gud ga mennesket frihet, men at frihet forutsetter at man tar ansvar. Og det er kulturen skapt av dem som ikke tar ansvar, men skeier ut med fri sex, alkohol og narkotika, som først og fremst skaper det samfunn muslimer føler de ikke vil være en del av.
Vedvarende konflikt pga. misfortåelser om og mistro til hverandre har forsurnet forholdet mellom kristendom og islam, noe som har hemmet Guds frelsesarbeid gjennom begge religionene.